Die Sicherung und Entwicklung der Qualität ist durch eine geeignete Governance an der Universität fest verankert und wird als wichtige Führungsaufgabe verstanden. Die Universität Basel hat die Grundzüge ihrer Qualitätskultur und ihres Qualitätssicherungs- und -entwicklungssystems sowie die Ziele und Massnahmen zu dessen Weiterentwicklung in der Qualitätsstrategie 2020 festgelegt. Die Qualitätskommission der Regenz begleitet und fördert die Qualitätssicherung und -entwicklung an der Universität und dient dem Austausch und der Entscheidungsfindung zu qualitätsrelevanten Themen.

Das Qualitätssicherungs- und -entwicklungssystem der Universität Basel umfasst im Wesentlichen die Kernaufgaben Forschung und Lehre und damit verbunden den Bereich Doktorat und Nachwuchsförderung. Des Weiteren gibt es zahlreiche Prozesse zur Qualitätssicherung- und -entwicklung in den anderen Tätigkeitsbereichen der Universität, namentlich Innovation, Weiterbildung, Dienstleistung und den universitätsinternen Supportaufgaben. Wichtige Bestandteile des Qualitätssicherungs- und -entwicklungssysten sind schliesslich die Bereiche Personal und Ressourcen sowie die Querschnittsthemen Diversity, Nachhaltigkeit, Kooperationen und Outreach.

Das Thema Qualität ist an der Universität direkt der Rektorin unterstellt. Im Generalsekretariat des Rektorats koordiniert das Team Qualitätsentwicklung die Prozesse der Qualitätssicherung und -entwicklung und unterstützt die zentralen Dienste und Fakultäten bei der Weiterentwicklung ihrer Prozesse und der Förderung der Qualitätskultur.

Die Universität Basel lässt ihr Qualitätssicherungs- und -entwicklungssystem alle 7 Jahre im Rahmen der Institutionellen Akkreditierung des Bundes überprüfen. Die Universität wurde 2022 vom Schweizerischen Akkreditierungsrat (SAR) erfolgreich ohne Auflagen akkreditiert.