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Universität Basel

Core Facilities

Die Universität Basel verfügt über modernste Forschungsinfrastrukturen, die den Forschenden und externen Nutzern im Rahmen von Core Facilities als Dienstleistungs- und Technologiezentren zur Verfügung stehen. Manche kostenintensive Infrastrukturen sind als Shared Facility einer Professur zugeordnet und können im Rahmen von Kooperationen genutzt werden. Als Volluniversität bietet die Universität Basel die Möglichkeit, die interdisziplinäre Zusammenarbeit zu fördern und wissenschaftliche Themen mit Teams aus unterschiedlichen Fachbereichen zu erforschen.

Core Facilities der Universität Basel

Microscopy Network Basel

© Universität Basel, Microscopy Network Basel
© Universität Basel, Microscopy Network Basel

Das Netzwerk Microscopy Network Basel (MNB) ist ein Zusammenschluss der akademischen Mikroskopie-Facilities in der Region Basel und wird von den Departementen Biozentrum und Biomedizin der Universität Basel, dem Department of Biosystems Science and Engineering (D-BSSE) der ETH Zürich und dem Friedrich Miescher Institute (FMI) getragen. Das MNB hat zum Ziel, Kollaborationen und den wissenschaftlichen Austausch auf dem Gebiet des Bioimaging zu fördern, indem es Kurse, Workshops und Seminare organisiert, um die vorhandenen Ressourcen und Infrastrukturen auf dem Gebiet der Lichtmikroskopie gegenseitig nutzbar zu machen.


 

BioEM Lab

Transmissionselektronenmikroskopie von Mikrogewebe des menschlichen Hirns, © Universität Basel, BioEM Lab
Transmissionselektronenmikroskopie von Mikrogewebe des menschlichen Hirns, © Universität Basel, BioEM Lab

Das BioEM Lab des Biozentrums bietet hochauflösende Bildgebungstechniken von Makromolekülen, Zellen und Geweben mittels Transmissionselektronenmikroskopie (TEM und CryoTEM) an sowie 3D-Rekonstruktion von Proteinen und Zellen mittels Einzelpartikelanalyse und Elektronentomographie.

Leitung: Dr. Mohamed Chami


 

Imaging Core Facility

Mäusehirn, © Universität Basel, Imaging Facility / Labor Doetsch
Mäusehirn, © Universität Basel, Imaging Facility / Labor Doetsch

Die Imaging Core Facility des Biozentrums ist eine Technologieplattform für den Einsatz hoch entwickelter Lichtmikroskope. Sie bietet Forschungsgruppen Unterstützung bei der Bildanalyse und stellt den Wissenschaftlern modernste Mikroskopietechniken und Softwarelösungen zur Verfügung.

Leitung: Dr. Oliver Biehlmaier


 

Microscopy Core Facility

Embroyzellen, © Universität Basel, Microscopy Core Facility
Embroyzellen, © Universität Basel, Microscopy Core Facility

Die Microscopy Core Facility des Departements Biomedizin der Universität Basel stellt an zwei Standorten Geräte und Expertise auf dem Gebiet der High-end Mikroskopie und der Bildanalyse zur Verfügung. Die Facility unterstützt die Forschenden täglich bei der Aufnahme von einfachen Histologie-Bildern bis hin zur Super-Resolution-Mikroskopie in lebenden Zellen oder bei massgeschneiderten Programmen für die Automation und Analyse.

Leitung: Dr. Michael Abanto und Pascal Lorentz


 

Bioinformatik

Analyse der Bioinformatik, © Universität Basel, Bioinformatik Core Facility
Analyse der Bioinformatik, © Universität Basel, Bioinformatik Core Facility

Die Bioinformatics Core Facility ist das Kompetenzzentrum des Departements Biomedizin auf dem Gebiet der Computational Biology und Biostatistik. Sie bietet massgeschneiderte Lösungen zu Analyse, Visualisierung und Interpretation komplexer biologischer Daten an, insbesondere auf dem Gebiet der High-Throughput-Genomik und Proteomik. Beratung und Lehre runden das Angebot ab.

Leitung: Robert Ivánek


 

Histology Core Facility

Immunhistochemie am menschlichen Darm, © Universität Basel, Histologie Core Facility
Immunhistochemie am menschlichen Darm, © Universität Basel, Histologie Core Facility

Die Histology Core Facility des Departements Biomedizin bietet den Forschenden Services und Support auf dem Gebiet der Standard- und High-End-Histologie und Histopathologie, von der Probenvorbereitung bis zur automatisierten Bildanalyse.

Leitung: Dr. Diego Calabrese
Kontakt: histology-dbm@unibas.ch


 

Life Sciences Training Facility

Vorbereitung der Genomsequenzierung an der LSTF, © Universität Basel, Life Science Training Facility
Vorbereitung der Genomsequenzierung an der LSTF, © Universität Basel, Life Science Training Facility

Die Life Sciences Training Facility (LSTF) des Biozentrums und des Departements Biomedizin wird in enger Zusammenarbeit mit der Genomics Facility Basel betrieben und unterstützt die Forschenden bei der experimentellen Durchführung von Genomsequenzierungen und verwandten Anwendungen.

Leitung: Prof. Dr. Andreas Papassotiropoulos, Philippe Demougin


 

Genomics Facility Basel

Übertrag der Erbinformation in die Farbenwelt, © Universität Basel, Genomics Core Facility
Übertrag der Erbiformation in die Farbenwelt, © Universität Basel, Genomics Core Facility

Die Genomics Facility Basel wird von der Universität Basel und dem Department of Biosystems Science and Engineering (D-BSSE) der ETH Zürich betrieben und bietet Services im Bereich der Genomsequenzierung und -analyse mit hochmodernen Sequenziersystemen an. Projekte aller Art – von der Tumorcharakterisierung in Einzelzellauflösung bis zur Assemblierung kompletter Genome von Mikroorganismen, Tieren und Pflanzen – werden unterstützt.

Leitung: Dr. Christian Beisel


 

Proteomics Core Facility

Massenspektrometrische Analyse, © Universität Basel, Proteomics Core Facility
Massenspektrometrische Analyse, © Universität Basel, Proteomics Core Facility

Die Proteomics Core Facility am Biozentrum stellt den Forschenden Expertise und Ressourcen auf dem Gebiet der biologischen Massenspektrometrie zur Verfügung und ist an der Entwicklung neuer quantitativer und qualitativer Methoden zur Analyse von Proteinen und deren Modifikationen beteiligt.

Leitung: Dr. Alexander Schmidt


 

Kernspinresonanz – Swiss NMR Facility

NMR-Spektroskopie zeigt atomare Details der Signale im G-Protein gekoppelten β1–Adrenorezeptor, welche durch Arzneimittel ausgelöst werden, © Universität Basel, Kernspinresonanz
NMR-Spektroskopie zeigt atomare Details der Signale im G-Protein gekoppelten β1–Adrenorezeptor, welche durch Arzneimittel ausgelöst werden, © Universität Basel, Kernspinresonanz

Mittels Kernspinresonanz (Nuclear Magnetic Resonance – NMR) werden am Biozentrum Struktur, Dynamik und Wechselwirkungen von Biomolekülen erforscht, um deren Funktion etwa im Hinblick auf Krankheiten bzw. Medikamente zu verstehen und zu verändern.

Zusammen mit der Universität Zürich und der ETH Zürich wurde die Swiss NMR Facility ins Leben gerufen um im Bereich der Hochfeld NMR-Spektroskopie den Forschenden Zugang zu den leistungsfähigsten Geräten bieten zu können. Forschende der Universität Basel können im Rahmen eines festgelegten Kontingents entsprechende Messzeiten beanspruchen.

Leitung: Prof. Dr. Sebastian Hiller
Kontakt: Alexandra Meng


 

Magnetresonanztomographie (MRI)

Siemens 3 Tesla Ganzkörper-Magnetresonanztomograph, © Universitätsspital Basel, MRT
Siemens 3 Tesla Ganzkörper-Magnetresonanztomograph, © Universitätsspital Basel, MRT

Im Universitätsspital Basel steht für Studien am Menschen ein 3 Tesla Ganzkörper-Magnetresonanztomograph (Siemens Magnetom Prisma) mit leistungsstarkem Gradientensystem (80 mT/m @ 200 T/m/s) und hoher Feldhomogenität (0.2 ppm bei 40 cm DSV) zur Verfügung. Das System verfügt zusätzlich über einen zweiten Breitband-Verstärker für die Anregung von Nicht-Protonen-Kernen. Der Scanner wird hauptsächlich für Forschungsvorhaben der Radiologischen Physik verwendet, kann aber auch von anderen Forschungsgruppen mitgenutzt werden.

Leitung: Prof. Dr. Oliver Bieri


 

Nano Imaging Lab

Katalysator, © Universität Basel, Nano Imaging Lab
Katalysator, © Universität Basel, Nano Imaging Lab

Das Nano Imaging Lab des Swiss Nanoscience Institute (SNI) ist eine Serviceplattform für Abbildung und Analyse von Nanostrukturen. Es verfügt über verschiedene Rasterelektronenmikroskope (REM und Kryo-REM), Transmissionselektronenmikroskope (TEM) und Rasterkraftmikroskope (AFM). Ausserdem bietet es fokussierte Ionenstrahl-Technologie (FIB), konfokale Mikroskopie und verschiedene spektroskopische Analysemöglichkeiten an.

Leitung: Dr. Markus Dürrenberger


 

Center for Medical Image Analysis & Navigation

Schädel eines Aneurysma-Patienten in der Virtuellen Realität, © Universität Basel, CIAN DBE
Schädel eines Aneurysma-Patienten in der Virtuellen Realität, © Universität Basel, CIAN DBE

Das Center for Medical Image Analysis & Navigation (CIAN) entwickelt neue Werkzeuge und Methoden im Bereich der medizinischen Bildgebung. Dabei geht es zum Beispiel um die Optimierung von Prozessen in der Computer- und Magnetresonanztomographie, um die Entwicklung lernender Algorithmen zur schnelleren und präziseren Auswertung medizinischer Bilder oder um die Verfügbarmachung dieser Daten in Virtual und Augmented Reality für die Operationsplanung, Patientenaufklärung und Ausbildung.

Leitung: Prof. Dr. Philippe Cattin


 

Mikro- und Nanotomographie

3D-Rendering einer Maus, © Universität Basel, MiNa DBE
3D-Rendering einer Maus, © Universität Basel, MiNa DBE

Die Core Facility Mikro- und Nanotomographie (MiNa) des DBE der Universität Basel bietet die Möglichkeit, Objekte mittels harter Röntgenstrahlung zerstörungsfrei mit Mikro- oder sogar Submikrometerauflösung sichtbar zu machen. Es stehen das nanotom® m-System von phoenix|x-ray, GE Sensing & Inspection Technologies GmbH, Wunstorf, Deutschland und das Skyscan 1275, Bruker microCT, Kontich, Belgien, zur Verfügung. Die dreidimensionalen Daten sind so gross, dass die quantitative Analyse üblicherweise automatisch erfolgt. Die Core Facility steht auch auswärtigen Nutzern aus Wissenschaft und Industrie zur Verfügung.

Leitung: Dr. Georg Schulz


 

3D Print Lab

Schädelimplantat aus dem 3D-Drucker, © Christian Flierl, Universität Basel
Schädelimplantat aus dem 3D-Drucker, © Christian Flierl, Universität Basel

Das 3D Print Lab und die Forschungsgruppe Swiss MAM (Medical Additive Manufacturing) am DBE arbeiten eng zusammen und befassen sich mit 3D-Operationsplanung und medizinischem 3D-Druck inklusive Bioprinting (3D-Druck von Zellen und Trägerstrukturen), Hochleistungsmaterialien, intelligenten Implantaten, Bildanalytik und Segmentierungsverfahren. Aus MRT- oder CT-Daten werden patientenspezifische Modelle gedruckt, die in den Kliniken des Universitätsspitals Basels verwendet werden.

Leitung: Prof. h.c. Dr. Dr. Florian Thieringer MHBA


 

Center for Transgenic Models

Mikroinjektion embryonaler Mäusestammzellen in einen Blastozysten-Embryo der Maus, © Universität Basel, CTM
Mikroinjektion embryonaler Mäusestammzellen in einen Blastozysten-Embryo der Maus, © Universität Basel, CTM

Die Serviceplattform Center for Transgenic Models (CTM) stellt den Forschenden  umfassende Dienstleistungen und Fachwissen im Bereich transgener Tiermodelle zur Verfügung, insbesondere der Generierung und Kryokonservierung von Maustämmen. Die CTM bietet eine Vielzahl von Standardtechniken an und entwickelt neue Gene-Delivery-Methoden und setzt damit die 3R-Prinzipien für verantwortungsvolle Tierversuche professionell um.

Leitung: Dr. Pawel Pelczar
Kontakt: ctm@unibas.ch


 

sciCORE

High Performance Computing Center, © Universität Basel, sciCORE
High Performance Computing Center, © Universität Basel, sciCORE

sciCORE ist das Kompetenzzentrum für wissenschaftliches Rechnen und stellt die Infrastruktur für Hochleistungsrechnen, Speicherung und Verarbeitung wissenschaftlicher Daten zur Verfügung. sciCORE implementiert innovative Computing-Lösungen in enger Zusammenarbeit mit Forschenden und bietet den Wissenschaftlern Schulungen und Beratung an. sciCORE ist auch eine Core Facility des Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) und einer der BioMedIT-Knotenpunkte, die das Projekt Swiss Personalized Health Network (SPHN) unterstützen.

Leitung: Dr. Thierry Sengstag
Kontakt: scicore@unibas.ch


 

Center for Data Analytics (CeDA)

Random orientation crop, © Universität Basel, sciCORE
Random orientation crop, © Universität Basel, sciCORE

Das Center for Data Analytics (CeDA) ist ein interdisziplinäres Kompetenzzentrum für quantitative Datenanalyse an der Universität Basel. Die Beratungs- und Unterstützungsleistungen des CeDA werden von Datenanalytikern mit Expertise in den Bereichen Biomedizin, Naturwissenschaften sowie Sozial- und Geisteswissenschaften erbracht. Die Aktivitäten des CeDA werden von sciCORE, dem Digital Humanities Lab (DHLab) und der Data Analytics-Professur am Departement Mathematik und Informatik koordiniert.

Leitung: Prof. Dr. Ivan Dokmanić
Kontakt: Dr. Geoffrey Fucile


 

Data and Service Center for the Humanities

Datenspeicherung, © Universität Basel, Digital Humanities Lab
Datenspeicherung, © Universität Basel, Digital Humanities Lab

Das Data and Service Center for the Humanities (DaSCH) ist eine nationale Forschungsinfrastruktur, welche den langfristigen Zugang zu geisteswissenschaftlichen Forschungsdaten gemäss den FAIR-Prinzipien garantiert. Das DaSCH wird im Auftrag der SAGW und dem SNF von der Universität Basel (Digital Humanities Lab) betrieben. Es steht allen Forschenden der Schweiz zur Verfügung, um qualitative geisteswissenschaftliche Forschungsdaten auch nach Projektende langfristig online verfügbar zu halten.

Leitung: Prof. Dr. Lukas Rosenthaler
Kontakt: info@dasch.swiss


 

Research and Infrastructure Support (RISE)

Textanalyse mittels statistischer Methoden, © Universität Basel
Textanalyse mittels statistischer Methoden, © Universität Basel

Die Core Facility Research and Infrastructure Support (RISE) unterstützt Forschende in den Geistes- und Sozialwissenschaften an der Universität Basel bei Fragen der Konzeption computergestützter Forschung, der Herstellung und der Analyse von Daten, digitaler Editionen und nutzerorientierten Visualisierung von Daten sowie der nachhaltigen und offenen Verfügbarkeit von Daten. RISE ist am Digital Humanities Lab und an der Universitätsbibliothek der Universität Basel angesiedelt.

Leitung: Prof. Dr. Gerhard Lauer
Kontakt: Prof. Dr. Lorenza Mondada



 

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