Core Facilities

Core Facilities der Universität Basel

Das Netzwerk Microscopy Network Basel (MNB) ist ein Zusammenschluss der akademischen Mikroskopie-Facilities in der Region Basel und wird von den Departementen Biozentrum und Biomedizin der Universität Basel, dem Department of Biosystems Science and Engineering (D-BSSE) der ETH Zürich und dem Friedrich Miescher Institute (FMI) getragen. Das MNB hat zum Ziel, Kollaborationen und den wissenschaftlichen Austausch auf dem Gebiet des Bioimaging zu fördern, indem es Kurse, Workshops und Seminare organisiert, um die vorhandenen Ressourcen und Infrastrukturen auf dem Gebiet der Lichtmikroskopie gegenseitig nutzbar zu machen.

Das BioEM Lab des Biozentrums bietet hochauflösende Bildgebungstechniken von Makromolekülen, Zellen und Geweben mittels Transmissionselektronenmikroskopie (TEM und CryoTEM) an sowie 3D-Rekonstruktion von Proteinen und Zellen mittels Einzelpartikelanalyse und Elektronentomographie.

Leitung: Dr. Mohamed Chami

Die Imaging Core Facility des Biozentrums ist eine Technologieplattform für den Einsatz hoch entwickelter Lichtmikroskope. Sie bietet Forschungsgruppen Unterstützung bei der Bildanalyse und stellt den Wissenschaftlern modernste Mikroskopietechniken und Softwarelösungen zur Verfügung.

Leitung: Dr. Oliver Biehlmaier

Die Microscopy Core Facility des Departements Biomedizin der Universität Basel stellt an zwei Standorten Geräte und Expertise auf dem Gebiet der High-end Mikroskopie und der Bildanalyse zur Verfügung. Die Facility unterstützt die Forschenden täglich bei der Aufnahme von einfachen Histologie-Bildern bis hin zur Super-Resolution-Mikroskopie in lebenden Zellen oder bei massgeschneiderten Programmen für die Automation und Analyse.

Leitung: Dr. Michael Abanto und Pascal Lorentz

Die Core Facility Flow Cytometry des Departements Biomedizin der Universität Basel ist eine hochmoderne wissenschaftliche Plattform im Bereich der Durchflusszytometrie. Sie ist auf den Einsatz aktueller Durchflusszytometrietechniken in Projekten der translationalen Forschung und der Grundlagenforschung ausgerichtet und stellt Forschenden Instrumente und Fachwissen zur Verfügung.
Mehr als 300 Forschende nutzen zehn Durchflusszytometrie-Analysegeräte (6 BC CytoFLEX und 4 BD Fortessas), fünf Zellsortierer (4 BD FACSAria™III und ein BD FACSMelody™), drei High-End-Spektralanalysatoren (Cytek® Aurora) und ein bildgebendes Zytometer (AMNIS® ImageStream X Mk II).
Unser Team bietet Schulungen zur Gerätebedienung, zu Zellsortierverfahren, Beratung zur Versuchsplanung, Unterstützung bei der Datenanalyse sowie Expertenseminare an. 

Leitung: Dr. Morgane Hilpert
Kontakt: flowteam-dbm@unibas.ch

Die GMP Facility for Advanced Therapies (GMP-FAT) des Departments Biomedizin entstand aus der Vereinigung zweier GMP-Labore am Zentrum für Lehre und Forschung und im Klinikum 2 des Universitätsspitals Basel. Die GMP-FAT Core Facility bietet den Forschungsgruppen die Expertise, Infrastruktur und das Pharmazeutische Qualitätssystem (PQS) zur Herstellung von Advanced Therapy Medicinal Products (ATMPs: Produkte für die somatische Zelltherapie, Gewebetherapie und Gentherapie), welche im Rahmen von Phase I und II klinischer Versuche verwendet werden.

Leitung: Dr. Anke Wixmerten

Die Bioinformatics Core Facility ist das Kompetenzzentrum des Departements Biomedizin auf dem Gebiet der Computational Biology und Biostatistik. Sie bietet massgeschneiderte Lösungen zu Analyse, Visualisierung und Interpretation komplexer biologischer Daten an, insbesondere auf dem Gebiet der High-Throughput-Genomik und Proteomik. Beratung und Lehre runden das Angebot ab.

Leitung: Dr. Robert Ivanek

Die Histology Core Facility des Departements Biomedizin bietet den Forschenden Services und Support auf dem Gebiet der Standard- und High-End-Histologie und Histopathologie, von der Probenvorbereitung bis zur automatisierten Bildanalyse.

Leitung: Dr. Diego Calabrese
Kontakt: histology-dbm@unibas.ch

Die Life Sciences Training Facility (LSTF) des Biozentrums und des Departements Biomedizin wird in enger Zusammenarbeit mit der Genomics Facility Basel betrieben und unterstützt die Forschenden bei der experimentellen Durchführung von Genomsequenzierungen und verwandten Anwendungen.

Leitung: Prof. Dr. Andreas Papassotiropoulos, Philippe Demougin

Die Genomics Facility Basel wird von der Universität Basel und dem Department of Biosystems Science and Engineering (D-BSSE) der ETH Zürich betrieben und bietet Services im Bereich der Genomsequenzierung und -analyse mit hochmodernen Sequenziersystemen an. Projekte aller Art – von der Tumorcharakterisierung in Einzelzellauflösung bis zur Assemblierung kompletter Genome von Mikroorganismen, Tieren und Pflanzen – werden unterstützt.

Leitung: Dr. Christian Beisel

Die Proteomics Core Facility am Biozentrum stellt den Forschenden Expertise und Ressourcen auf dem Gebiet der biologischen Massenspektrometrie zur Verfügung und ist an der Entwicklung neuer quantitativer und qualitativer Methoden zur Analyse von Proteinen und deren Modifikationen beteiligt.

Leitung: Dr. Alexander Schmidt

Mittels Kernspinresonanz (Nuclear Magnetic Resonance – NMR) werden am Biozentrum Struktur, Dynamik und Wechselwirkungen von Biomolekülen erforscht, um deren Funktion etwa im Hinblick auf Krankheiten bzw. Medikamente zu verstehen und zu verändern.

Zusammen mit der Universität Zürich und der ETH Zürich wurde die Swiss High-field NMR Facility ins Leben gerufen, um im Bereich der Hochfeld NMR-Spektroskopie den Forschenden Zugang zu den leistungsfähigsten Geräten bieten zu können. Forschende der Universität Basel können im Rahmen eines festgelegten Kontingents entsprechende Messzeiten beanspruchen.

Leitung: Prof. Dr. Sebastian Hiller
Kontakt: Alexandra Meng

Im Universitätsspital Basel steht für Studien am Menschen ein 3 Tesla Ganzkörper-Magnetresonanztomograph (Siemens Magnetom Prisma) mit leistungsstarkem Gradientensystem (80 mT/m @ 200 T/m/s) und hoher Feldhomogenität (0.2 ppm bei 40 cm DSV) zur Verfügung. Das System verfügt zusätzlich über einen zweiten Breitband-Verstärker für die Anregung von Nicht-Protonen-Kernen. Der Scanner wird hauptsächlich für Forschungsvorhaben der Radiologischen Physik verwendet, kann aber auch von anderen Forschungsgruppen mitgenutzt werden.

Leitung: Prof. Dr. Oliver Bieri

Das Nano Imaging Lab des Swiss Nanoscience Institute (SNI) ist eine Serviceplattform für Abbildung und Analyse von Nanostrukturen. Es verfügt über verschiedene Rasterelektronenmikroskope (REM und Kryo-REM), Transmissionselektronenmikroskope (TEM) und Rasterkraftmikroskope (AFM). Ausserdem bietet es fokussierte Ionenstrahl-Technologie (FIB), konfokale Mikroskopie und verschiedene spektroskopische Analysemöglichkeiten an.

Leitung: Dr. Marcus Wyss

Das Center for Medical Image Analysis & Navigation (CIAN) entwickelt neue Werkzeuge und Methoden im Bereich der medizinischen Bildgebung. Dabei geht es zum Beispiel um die Optimierung von Prozessen in der Computer- und Magnetresonanztomographie, um die Entwicklung lernender Algorithmen zur schnelleren und präziseren Auswertung medizinischer Bilder oder um die Verfügbarmachung dieser Daten in Virtual und Augmented Reality für die Operationsplanung, Patientenaufklärung und Ausbildung.

Leitung: Prof. Dr. Philippe Cattin

Die Core Facility Mikro- und Nanotomographie (MiNa) des DBE der Universität Basel bietet die Möglichkeit, Objekte mittels harter Röntgenstrahlung zerstörungsfrei mit Mikro- oder sogar Submikrometerauflösung sichtbar zu machen. Es stehen das nanotom® m-System von phoenix|x-ray, GE Sensing & Inspection Technologies GmbH, Wunstorf, Deutschland und das Skyscan 1275, Bruker microCT, Kontich, Belgien, zur Verfügung. Die dreidimensionalen Daten sind so gross, dass die quantitative Analyse üblicherweise automatisch erfolgt. Die Core Facility steht auch auswärtigen Nutzern aus Wissenschaft und Industrie zur Verfügung.

Leitung: Dr. Georg Schulz

Das 3D Print Lab und die Forschungsgruppe Swiss MAM (Medical Additive Manufacturing) am DBE arbeiten eng zusammen und befassen sich mit 3D-Operationsplanung und medizinischem 3D-Druck inklusive Bioprinting (3D-Druck von Zellen und Trägerstrukturen), Hochleistungsmaterialien, intelligenten Implantaten, Bildanalytik und Segmentierungsverfahren. Aus MRT- oder CT-Daten werden patientenspezifische Modelle gedruckt, die in den Kliniken des Universitätsspitals Basels verwendet werden.

Leitung: Prof. h.c. Dr. Dr. Florian Thieringer MHBA

Die Serviceplattform Center for Transgenic Models (CTM) stellt den Forschenden  umfassende Dienstleistungen und Fachwissen im Bereich transgener Tiermodelle zur Verfügung, insbesondere der Generierung und Kryokonservierung von Maustämmen. Die CTM bietet eine Vielzahl von Standardtechniken an und entwickelt neue Gene-Delivery-Methoden und setzt damit die 3R-Prinzipien für verantwortungsvolle Tierversuche professionell um.

Leitung: Dr. Pawel Pelczar
Kontakt: ctm@unibas.ch

sciCORE ist das Kompetenzzentrum für wissenschaftliches Rechnen und stellt die Infrastruktur für Hochleistungsrechnen, Speicherung und Verarbeitung wissenschaftlicher Daten zur Verfügung. sciCORE implementiert innovative Computing-Lösungen in enger Zusammenarbeit mit Forschenden und bietet den Wissenschaftlern Schulungen und Beratung an. sciCORE ist auch eine Core Facility des Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) und einer der BioMedIT-Knotenpunkte, die das Projekt Swiss Personalized Health Network (SPHN) unterstützen.

Leitung: Dr. Thierry Sengstag
Kontakt: scicore@unibas.ch

Das Center for Data Analytics (CeDA) ist ein interdisziplinäres Kompetenzzentrum für quantitative Datenanalyse an der Universität Basel. Die Beratungs- und Unterstützungsleistungen des CeDA werden von Datenanalytikern mit Expertise in den Bereichen Biomedizin, Naturwissenschaften sowie Sozial- und Geisteswissenschaften erbracht. Die Aktivitäten des CeDA werden von sciCORE, dem Digital Humanities Lab (DHLab) und der Data Analytics-Professur am Departement Mathematik und Informatik koordiniert.

Leitung: Prof. Dr. Ivan Dokmanić
Kontakt: Dr. Geoffrey Fucile

Das DaSCH, Swiss National Data and Service Center for the Humanities ist eine nationale Forschungsinfrastruktur, welche den langfristigen Zugang zu geisteswissenschaftlichen Forschungsdaten gemäss den FAIR-Prinzipien garantiert. Das DaSCH wird als Verein im Auftrag des SNF von der Universität Basel gehostet. Es steht allen Forschenden der Schweiz zur Verfügung, um qualitative geisteswissenschaftliche Forschungsdaten auch nach Projektende langfristig online verfügbar zu halten.

Leitung: PD Dr. Rita Gautschy
Kontakt: info@dasch.swiss

Die Core Facility Research and Infrastructure Support (RISE) unterstützt Forschende in den Geistes- und Sozialwissenschaften an der Universität Basel bei Fragen der Konzeption computergestützter Forschung, der Herstellung und der Analyse von Daten, digitaler Editionen und nutzerorientierten Visualisierung von Daten sowie der nachhaltigen und offenen Verfügbarkeit von Daten. RISE ist am Digital Humanities Lab und an der Universitätsbibliothek der Universität Basel angesiedelt.

Leitung: Eric Decker M.A.
Kontakt: rise@unibas.ch