Die folgende, nicht abschliessende Liste gibt einen Eindruck über die wichtigsten Infrastrukturen und Institutionen:

1. Mikroskopie

• Elektronenmikroskopie
  Nano Imaging Lab (SNI)
  Bio EM Lab (C-Cina)
• High-end Elektronenmikroskopie
  Center for Cellular Imaging and Nano Analytics (C-CINA)
• Lichtmikroskopie
  Imaging Core Facility (Biozentrum)
  Microscopy Core Facility (DBM)
• Rastersondenmikroskopie
  Nano Imaging Lab (SNI)

​​2. Genom- und Proteomanalysen

• Mikroarray-Analysen
  Life Sciences Training Facility (LSTF)
• Genomik
  Genomics Facility Basel gemeinsam mit der ETH-Zürich (D-BSSE)
• Proteomik
  Proteomics Core Facilty (Biozentrum)

3. Bioinformatik und Computational Biology

• Center for Scientific Computing (sciCORE)
• Bioinformatics Core Facility (DBM)
• Research IT (Biozentrum)

4. NMR- und MRI-Technologie

• NMR-Strukturanalyse (Biozentrum)
• Ganzkörper-MRI
• Single Photon Emission Computed Tomography (SPECT)

5. Röntgenbasierte Strukturanalyse

• Micro- and Nano-Tomography (DBE)

6. Technologie für Modellorganismen

• Mouse Core Facility
• Center for Transgenic Models (CTM)

7. Bibliotheken

• Universitätsbibliothek Basel
   
• Basler Afrika Bibliographien
  Namibia Resource Centre – Southern Africa Library
   
• Handschriftensammlung
  Der Katalog Handschriften und Nachlässe wird auf längere Sicht alle Handschriften und Nachlässe verzeichnen und zur einzelnen Handschrift jeweils weitere Beschreibungen und wissenschaftliche Arbeiten aufführen.
   
• E-Manuscripta
  Das Kooperationsprojekt E-Manuscripta der Universitätsbibliothek Basel mit der ETH-Bibliothek und der Zentralbibliothek Zürich ist die Plattform für digitalisierte Handschriften und Archivalien aus Schweizer Bibliotheken und Archiven.
   
• E-Codices
  Die virtuelle Handschriftenbibliothek der Schweiz E-Codices erschliesst mittelalterliche Handschriften und eine Auswahl der frühneuzeitlichen Handschriften der Schweiz.
   
• E-Rara
  Auf der Online-Plattform E-Rara ist eine stets wachsende Sammlung von digitalisierten Drucken aus Schweizer Bibliotheken zu finden. E-Rara ist ein nationales Gemeinschaftsprojekt, an dem auch die Universität Basel beteiligt ist. Neu können ausgewählte Dokumente ab 1830 im Volltext durchsucht werden.
   
• Basler Missionsarchiv
  Das Archiv der Basler Mission (Mission 21) ist ein interdisziplinärer Forschungsstandort, der Quellen zur Missions-, Kolonial- und Kulturgeschichte besonders aus den früheren Wirkungsfeldern der Basler Mission in Ghana, Indien, China, Kamerun und Indonesien enthält.
   
• Schweizerisches Wirtschaftsarchiv
  Das Schweizerische Wirtschaftsarchiv dokumentiert seit 1910 die Wirtschaftsgeschichte und Wirtschaftspolitik der Schweiz und ist das wichtigste Kompetenzzentrum für Wirtschafts- und Unternehmensgeschichte der Schweiz.

8. Bedeutende Editionen

• Amerbach-Edition
  Die Edition des überlieferten Briefnachlasses von drei Generationen der Gelehrtenfamilie Amerbach, die 2010 abgeschlossen wurde, ist ein Zeugnis des Humanismus und der Jurisprudenz im 16. Jahrhundert und eine wichtige Quelle für das Bildungswesen und das tägliche Leben dieser Zeit.
   
• Basler Edition der Bernoulli-Briefwechsel
  Die Briefwechsel und Korrespondenzen von Mitgliedern der bedeutenden Basler Mathematiker- und Physikerfamilie Bernoulli werden editiert und elektronisch zur Verfügung gestellt.
   
• Jacob-Burckhardt-Werke
  Eine bedeutende Edition entsteht mit der neuen kritischen Jacob-Burckhardt-Gesamtausgabe, welche in 29 Bänden Burckhardts Schriften zur Kunst sowie seine Abbildungssammlung von Reproduktionsfotografien umfasst. Das Werk entsteht in Kooperation mit mehreren Universitäten unter Leitung der Jacob-Burckhardt-Stiftung in Basel.
   
• Der späte Nietzsche
  Mit dem deutsch-schweizerischen Editionsprojekt Der späte Nietzsche wird Friedrich Nietzsches Nachlass von 1885 bis 1889 erstmals integral und manuskriptgetreu erscheinen. Sie ist Teil der Kritischen Gesamtausgabe der Werke (KGW) und dokumentiert Nietzsches späten Nachlass auf CD-ROM und in Buchform.
   
• Kritische Robert-Walser-Ausgabe
  Die Kritische Robert-Walser-Ausgabe (KWA) ist als Verbindung von Printausgabe und elektronischer Edition angelegt und gliedert sich in acht Abteilungen mit insgesamt etwa 45 Bänden. Ihre Konzeption entspringt dem Grundgedanken, Walsers Werk in der strukturierten Bewahrung des Textträgerprinzips und damit in der Weise seines Ersterscheinens zu dokumentieren. Die KWA wird von Arbeitsgruppen der Deutschen Seminare der Universitäten Basel und Zürich erarbeitet.
   
• Anton-Webern-Gesamtausgabe
  Am Fachbereich Musikwissenschaft der Universität Basel entsteht die Anton-Webern-Gesamtausgabe als historisch-kritische Edition, welche in Zusammenarbeit mit der Paul Sacher Stiftung sowohl Werke als auch unveröffentlichte Kompositionen bearbeitet und publiziert.