Das Studium an der Universität Basel kostet derzeit 850 Franken pro Semester für Bachelor- und Master-Studierende sowie 350 Franken für Doktorierende. Der Anteil der Studiengebühren am Gesamtbudget der Universität Basel betrug im Jahr 2017 2,5% (18,3 Mio CHF). Dies zeigt, dass die Studiengebühren bei weitem nicht ausreichen, um die mit dem Studium verbundenen Kosten zu decken. Dies ist aber nicht nur in Basel, sondern an praktisch allen Universitäten in (Kontinental-) Europa der Fall und geht auf das Prinzip zurück, dass eine Hochschulbildung allen Bevölkerungsschichten offenstehen soll.

Mit Studiengebühren von 850 CHF pro Semester hat die Universität Basel bereits heute die höchsten Studiengebühren für inländische Studierenden unter allen Volluniversitäten der Schweiz – inklusive den beiden ETHs. Nur die Universität St. Gallen und die Università della Svizzera Italiana (USI) haben noch höhere Gebühren.