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Universität Basel

Infrastruktur

A rack of biological samples being retrieved from a liquid nitrogen tank.
© Universitätsspital Basel

Viele hervorragende Ressourcen stehen in den verschiedenen Institutionen zur Verfügung und das Universitätsspital erfasst täglich biologische Proben und grosse Mengen an wichtigen Gesundheitsdaten von Patientinnen und Patienten. Die Daten sind im klinischen Informationssystem und weiteren spezialisierten Datensystemen (z.B. der Pathologie, Radiologie und Biobanken) gespeichert.

Zur optimalen Nutzung durch die Forschung müssen die Daten aus den ursprünglichen Systemen extrahiert, transformiert und in ein einziges konsolidiertes Daten-Managementsystem integriert werden. Letzteres stellt eine ganzheitliche und analysierbare Ansicht anonymisierter oder kodierter Patienteninformationen den Forschenden zur Verfügung. Im Weiteren sind Daten-Standardisierung und –Harmonisierung als Grundlage für die Interoperabilität und somit den Austausch von wissenschaftlichen Daten zwischen Forschungsinstitutionen notwendig.

Das Ziel von PHB ist es, die existierende Infrastruktur zu evaluieren und benötige Komponenten zur Sicherstellung der Interoperabilität und des Datenaustauschs für die optimalen Nutzung durch die Forschung zu identifizieren und bereitzustellen.

Die ethischen, rechtlichen und gesellschaftlichen Auswirkungen (ELSI / Ethical – Legal – Societal Implications) des Austauschs von biologischen Proben und Gesundheitsdaten werden durch ein eigenes PHB Projektteam betreut, welches in enger Abstimmung mit dem nationalen ELSI Beratungsteam des Swiss Personalized Health Network (SPHN) agiert.

Clinical Data Warehouse (CDW)
Biobanking
Clinical Data Warehouse (CDW)

Clinical Data Warehouse

97% der Patientinnen und Patienten am Universitätsspital Basel sind nicht in einer klinischen Studie registriert sondern werden im Rahmen der medizinischen Grundversorgung behandelt. Um die medizinische Forschung und eine personalisierte Gesundheitsversorgung optimal zu unterstützen muss sichergestellt werden, dass die wissenschaftlich wertvollen Informationen aus der klinischen Routine (Diagnose, Therapie, Behandlungsresultat) für die Forschenden zugänglich sind. Die Herausforderung besteht darin, die Daten des klinischen Informationssystems und der Expertensysteme zu konsolidieren und sie den Forschenden in einer technisch analysierbaren Form und unter Einhaltung der rechtlichen Bestimmungen zur Verfügung zu stellen.

 

Das Clinical Data Warehouse (CDW) bezeichnet eine IT Plattform, welche die reichhaltigen Daten aus der klinischen Routine zusammenführt und diese für Forschungsprojekte verfügbar macht. Dies wird den zur Personalized Health Forschung benötigten Daten-Pool erheblich vergrössern und auch diejenigen Patientinnen und Patienten mit einschliessen, welche nicht in klinischen Studien registriert sind. Die Zusammenführung mit „Omics-“ und anderen, aus Patientenproben gewonnenen Forschungsergebnissen, erhöhen den wissenschaftlichen Wert der Daten noch mehr.

 

Eine Schnittstelle für kollaborative Forschung und den Austausch von Daten mit nationalen und internationalen Partnern ist der Schlüssel zu Personalized Health. PHB strebt nach Interoperabilität innerhalb der PH Allianz Zürich-Basel und des Swiss Personalized Health Networks. Die ELSI Gruppen von PHB und SPHN erfüllen eine kritische Rolle bei der Erstellung von Governance Regeln, welche den ethischen, rechtlichen und gesellschaftlichen Anforderungen adäquat Rechnung tragen. Beispielsweise muss sichergestellt sein, dass die Information zur Patienten-Einverständniserklärung immer mit den klinischen Daten und biologischen Proben verknüpft bleibt.

 

Aufgaben des PHB Projektteams Clinical Data Warehouse:

  • Mitgestaltung der Strategie des Universitätsspitals Basel im Hinblick auf die Anpassung der IT Infrastruktur an die PH-assoziierten Herausforderungen.
     
  • Festlegen der Anforderungen, Plattformen, Standards und Prozesse zur Sicherstellung der Funktionalität und Zweckmässigkeit des Clinical Data Warehouse.
     
  • Definierung der Daten-Sets, welche für PH-Forschungsprojekte im Clinical Data Warehouse zugänglich gemacht werden. Diese Daten müssen verschiedene Quellen aus Diagnose-Bildgebungsverfahren, Pathologie, sowie klinische und demografische Merkmale umfassen.
     
  • Integration von klinischen Daten mit Daten aus Forschungsprojekten, inklusive „Omics-Daten“ generiert aus biologischen Proben von Patientinnen und Patienten.
     
  • Abstimmung mit dem PHB Projektteam Biobanking zur Einbettung des biologischen Patientenproben-Katalogs und der aus diesen Proben gewonnenen Daten ins Clinical Data Warehouse.
     
  • Zusammenarbeit mit den ELSI Projektteams von PHB und SPHN zur Erarbeitung einer Datenverarbeitungs-Governance, die den ethischen, rechtlichen und gesellschaftlichen Anforderungen Rechnung trägt.
     
  • Sicherstellung der Interoperabilität des Clinical Data Warehouse mit den Systemen unserer Partner der PH Allianz Zürich-Basel und des Swiss Personalized Health Networks.
Biobanking

Biobanking

Biobanken sind Sammlungen von biologischem Material, z.B. Blut- oder Gewebeproben, verknüpft mit persönlichen Daten der jeweiligen Spender. In Kombination mit „Omics-“ Technologien und anderen Datenquellen erschliessen solche Sammlungen Assoziationen zwischen Genom oder Umweltfaktoren und dem Auftreten, Verlauf und Behandlungserfolg von Krankheiten. Biobanken sind deshalb ein wichtiger Pfeiler der Personalized Health Forschung.

 

Viele hervorragende Biobanken mit qualitativ hochstehenden biologischen Proben und Daten existieren am Universitätsspital und den verschiedenen Institutionen. Während Umfang, Art des biologischen Materials und Verwendungszweck der verschiedenen Sammlungen sich stark voneinander unterscheiden ist allen Biobanken gemein, dass sie eine angemessene Infrastruktur und Standards für die Gewinnung, Verarbeitung, Aufbewahrung und Nutzung der Proben erfordern. Diese müssen zudem den stets komplexer werdenden ethischen, rechtlichen und gesellschaftlichen Anforderungen genügen.

 

Eine IT Lösung wird benötigt,  welche eine harmonisierte Verwaltung und die Verknüpfung der vorhandenen biologischen Proben mit verschiedenen Datenquellen (z.B. klinischer Verlauf, Demografie, „Omics“-Daten) ermöglicht. Dies ist Voraussetzung dafür, dass die Proben zu Forschungszwecken und für die Gesundheitsversorgung optimal genutzt werden können.

 

 

Aufgaben des PHB Projektteams Biobanking:

  • Implementierung der Biobanking-Strategie des Universitätsspitals Basel zum Aufbau und Betrieb einer nachhaltigen Biobanking-Infrastruktur.
     
  • Integration der lokalen Partnerinstitutionen, insbesondere des Universitäts-Kinderspitals beider Basel, der Universitären Psychiatrischen Kliniken und des Swiss Tropical and Public Health Institute durch Harmonisierung und Verknüpfung der lokalen Biobanken.
     
  • Abstimmung der lokalen Biobanking-Strategie mit derjenigen von SPHN und der „Swiss Biobanking Platform“ (SBP) zur verbesserten Zugänglichkeit des biologischen Probenkatalogs.
     
  • Schaffung einer Schnittstelle zum Clinical Data Warehouse und Verknüpfung von klinischen Daten und Forschungsdaten mit den entsprechenden biologischen Proben.
     
  • Zusammenarbeit mit den ELSI Projektteams von PHB und SPHN zur Erarbeitung einer Biobanking-Governance, die den ethischen, rechtlichen und gesellschaftlichen Anforderungen Rechnung trägt.

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